Unter dem harten Zahnschmelz und dem Zahnbein verbirgt sich im Zahninneren ein Hohlraum, der mit Weichgewebe ausgefüllt ist und bis zu den Wurzelspitzen reicht. Dieses Zahnmark (Pulpa) – oder umgangssprachlich der „Nerv“ – besteht aus Bindegewebe mit Blut- und Lymphgefäßen sowie Nervenfasern. Durch Bakterien infolge einer Karies, aber auch durch mechanische oder thermische Reizung, kann sich die Pulpa entzünden. Im akuten Stadium ist dies sehr schmerzhaft.
Das Kanalsystem ist sehr variabel: Alle Wurzeln haben mindestens einen Hauptkanal, von dem aber sehr häufig feine und feinste Seitenkanäle, Verästelungen oder Aussackungen abgehen. Kanäle können sich in der Tiefe teilen oder auch zusammenschließen. Häufig findet man ein sehr komplexes Höhlensystem.
Mit dem unbewaffneten Auge können die Eingänge nur der großen Kanäle erkannt werden. Aufgrund der sehr geringen Größe des Wurzelkanalsystems und durch das begrenzte Auflösungsvermögen des Auges können Details nicht erkannt und differenziert werden.
Das Mikroskop ermöglicht mittels Kombination von Licht und Vergrößerung neue Dimensionen in der Behandlung. Das Auffinden kleinster Wurzelkanäle gelingt unter Sicht am zuverlässigsten. Minimalinvasive Techniken, wie zur Entfernung von Stiften, Fremdkörpern oder abgebrochenen Instrumenten, werden hiermit erst ermöglicht.